Sie heissen Michael und Ludwig, sie sind Engel, sie haben Flügel und einen Auftrag, der Auftrag lautet: Auslöschung. Auf Anweisung von ganz oben, also von Gott, sollen der Erzengel Michael und sein Assistenzengel Ludwig die Gesamtbevölkerung eines idyllischen Dörfchens namens Iflingen auslöschen. In Iflingen leben fromme Menschen, aber selbst der frommste Mensch versündigt sich bei Gelegenheit, das liegt in der Natur des Menschen, also haben die Iflinger*innen ihren Tod verdient. Dieser unerbittlichen Logik folgend, starten die Engel an einem milden Sommerabend ihre mörderische Tour durch das Kaff – Ludwig von gotteslästerlichen Zweifeln geplagt, Michael mit energischem Arbeitseifer. Der Plan: Haus für Haus abarbeiten, jeden Mann, jede Frau, jedes Kind mit dem Flammenschwert «auseinanderbrennen», «zu Asche schlachten». Das sollte sich in einer Viertelstunde erledigen lassen, das ist Routine, zumal für Michael, der schon ganz andere Exekutionsaufträge im Namen Gottes erledigt hat, grössere, würdigere, aber Pflicht ist Pflicht, also los! 
Schon im ersten Haus stossen die Engel auf ein Problem: Das hinzurichtende Ehepaar Ziegler sitzt nicht vor dem Fernseher, wie es laut göttlicher Vorsehung sein sollte, sondern ist verschwunden. Zweites Haus: Familie Gruber sitzt nicht am Küchentisch beim letzten Abendmahl. Drittes Haus, viertes Haus, niemand da, alle weg. Wo sind die Schlachtopfer hin? Was läuft hier schief? Hat Gott bei seiner Vorsehung gestümpert? Kann so jemand wie Gott überhaupt stümpern? Und was hat es mit den sprechenden Tieren auf sich, denen die Engel im menschenleeren Iflingen begegnen, darunter ein Schwein, das um seine Schlachtung bettelt?
Bei Wolfram Lotz ist der Tag des Jüngsten Gerichts kein apokalyptisches Grossereignis mit biblischer Wucht, sondern ein humoreskes Kammerspiel über Glauben, Zweifel und die Sehnsucht nach dem Ende von Allem.
Das Ende von Iflingen ist nach Einige Nachrichten an das All und Die lächerliche Finsternis bereits das dritte Werk des erfolgreichen deutschen Dramatikers, das in der Ära von Schauspieldirektor Jonas Knecht in St.Gallen auf die Bühne gelangt.